За его долгую жизнь на российском престоле сменилось восемь царей и цариц. Одни к нему благоволили, другие смиренно терпели строптивого владыку, и лишь Екатерина Великая не снесла – нашла коса на камень.

Блестяще образованный выпускник Киевской духовной академии, участник второй камчатской экспедиции Беринга иеромонах Арсений был рукоположен во епископа Сибирского и Тобольского с возведением в сан митрополита во время регентства Анны Леопольдовны. А на дальнюю Тобольскую кафедру направлен потому, что отказался присягать герцогу Бирону, регенту малолетнего императора Иоанна Антоновича.

Позже он отказался присягать и Елизавете Петровне — из-за слов присяги: «Исповедую же с клятвою крайняго судию духовныя сея коллегии быти самую Всероссийскую монархиню, Государыню нашу». Митрополит заявил, что выражение это неправильно, так как единственный крайний судия и глава Церкви есть Христос. Набожная императрица с пониманием отнеслась к поступку владыки, и это не имело для него никаких последствий. Потом митрополит Арсений подал императрице Елизавете записку «О благочинии церковном», где доказывал, что Синод не имеет канонической основы без патриарха. По сути это был первый открытый протест против синодальной системы.

На коронацию Екатерины II митрополит Арсений приглашен не был, хотя к тому времени занимал одну из самых значительных кафедр — Ростовскую и Ярославскую. С первых дней своего царствования императрица занесла Ростовского митрополита в число своих личных врагов. А тот считал своим долгом, хотя и без особой надежды на успех, ратовать за правду и стоять до конца за интересы церкви. Один за другим подавал митрополит Арсений в Синод протесты против отнятия у монастырей вотчин и вмешательства светских людей в духовные дела. А в Неделю Православия, когда предаются анафеме враги церкви, он к обычному чиноположению прибавил «анафему обидчикам церквей и монастырей».

Кончилось тем, что императрица потребовала, чтобы Синод осудил «своего сочлена, как злонамеренного и преступника». Митрополиту не позволили даже приложиться к мощам и иконам в соборе, спешно препроводили в Москву и, как государственного преступника, заперли в Симонов монастырь. На допрос приехала сама императрица, но владыка говорил так резко, что Екатерина зажала себе уши, а самому возмутителю спокойствия «заклепали рот». Кончилось тем, что с митрополита Арсения сняли сан и сослали под Архангельск в дальний Никольский монастырь без права письменного и словесного общения.

Относились к нему в монастыре с почтением, считали мучеником, страдальцем за правду, монахи брали у него благословение, а архимандрит-настоятель почитал как архиерея.

Но нашлись два монаха — написали императрице донос, что ссыльный бранил Синод. Делу был придан политический вид, и приговор последовал соответствующий — расстричь, переодеть в мирскую одежду, переименовать в Андрея Враля и сослать на вечное заточение в Ревель (Таллин), в каземат башни Гросштанпорт, похожий на сырую каменную могилу размером два на три метра. Там ему предстояло провести долгие пять лет. Все это время узника тщательно охраняли, никого к нему не допускали, охране было строго-настрого запрещено с ним разговаривать. А при попытке узника заговорить караульным было предписано вставлять ему пыточный кляп.

Но даже это не могло успокоить императрицу. А тут еще народная молва стала разносить слухи об том, что Андрей Враль по пути в Ревель упросил охрану остановиться у церкви, чтобы исповедоваться и причаститься, как был, в арестантской одежде, прошел прямо в алтарь, конвоиры посмотрели туда и оцепенели: вместо арестанта у престола причащался человек в сверкающим золотом архиерейском облачении. Слухи эти просвещенная императрица, конечно, всерьез не воспринимала, а вот народ в молву о чуде верил.

И тогда Андрея Враля фактически заживо замуровали — заложили дверь его каземата кирпичами, оставив только окошечко, чтобы подавать пищу. Только в предсмертный час в феврале 1772 года Екатерина II разрешила допустить к узнику священника, с которого взяли подписку, что он под страхом смерти ничего потом никому не расскажет. Когда дверь открыли, он вошел в камеру и тут же в страхе выбежал, крича, что там «архипастырь в полном облачении». Через несколько минут, придя в себя, он в сопровождении пристава снова вошел в каземат. На койке лежал арестант. Напутствовав страдальца, священник попросил у него благословения, и умирающий дал ему на память свой молитвенник с надписью: «Смиренный митрополит Ростовский Арсений».

Через день земные страдания митрополита Арсения окончились. В тот же день он был погребен в русской Никольской церкви как простой мирянин. И только Поместный собор Русской православной церкви 1917-1918 годов отменил решение Синода о лишении митрополита Арсения епископского сана.

Прошло еще больше восьмидесяти лет, и юбилейный Архиерейский собор 2000 года причислил владыку к лику святых как «ревностного святителя церкви, принявшего мученическую смерть за Христа и Его церковь».

.