Внук татарского баскака, принявшего православие и оставшегося жить на Руси в пожалованном ему селе Кудиново неподалеку от Боровска, Пафнутий двадцать лет прожил в Покровском монастыре в селе Высокое в послушании у Никиты Серпуховского, ученика преподобного Сергия Радонежского.

Преподобный Сергий вошел в историю Русской церкви, окруженный сонмом своих учеников — до одиннадцати из них еще при его жизни стали основателями монастырей, неся заветы своего учителя в разные концы русской земли — на юг, в Москву, в ее городские и подмосковные обители, и на север, в лесные пустыни по Волге и в Заволжье.

Уже через семь лет такой духовной школы Пафнутия избрали игуменом, но около 1440 года он тяжело заболел и, готовясь к смерти, даже принял схиму, а выздоровев, отпросился «на покой», съездил в Троице-Сергиеву лавру и поселился в уединении на берегу реки Протвы, напротив своего прежнего монастыря.

Однако очень скоро вокруг подвижника собралась новая братия, и началось строительство деревянного храма в честь Рождества Божией Матери. 1444 год считается датой основания монастыря преподобного Пафнутия Боровского, который он называл домом Пречистой Божией Матери. До глубокой старости — более тридцати лет – был он его игуменом, собирая и воспитывая братию в послушании и страхе Божием.

Сохранение строгого общежития всегда давалось на Руси с большим трудом — оно предполагает суровую дисциплину и внимание к букве устава, и игумену поневоле приходилось проявлять строгость, чтобы этого добиться.

Монастырь, который основал Пафнутий, был всего в двух верстах от города, и трудовой, хозяйственный уклад жизни был продиктован жизненной необходимостью. Юный Иосиф Санин – будущий Иосиф Волоцкий, — придя в Боровскую обитель, застал игумена за рубкой дров в лесу, а сказание о кончине Пафнутия, составленное его любимым учеником Иннокентием, начинается с того, как старец позвал его к пруду, на прорванную плотину, и «начат мя учити, как заградити путь воде».

Пафнутий не был суровым аскетом, но был строг во всем, что касалось соблюдения устава, особенно церковного правила и благочестия. Блюститель канонов, он не пожелал признавать митрополита Иону, избранного без утверждения греческого патриарха, хотя знал, что подвергнется за это строгому наказанию. Ученикам своим он внушал благоговейный страх.

Пафнутий был суров и к мирянам, даже перед смертью отказывался принимать дары князей и бояр. Но он внушал им такое уважение, что дары все равно щедро текли в его обитель.

Почитание его в великокняжеском доме сделало его как бы фамильным святым московских князей. Считалось, что Иван Грозный был рожден по молитвам святого Пафнутия. Сам царь называл имя преподобного в ряду величайших московских святых — Сергия и Кирилла. Да и Пафнутий любил московский княжеский дом, хранил в памяти предания о московской старине, о добродетелях Ивана Калиты и делился ими в кругу учеников.

Иосифа Волоцкого, когда тот двадцати лет от роду пришел в Боровск, игумен Пафнутий взял к себе в келью и воспитал в своей суровой школе послушания, а умирая, избрал его своим преемником. И великий князь Иван Васильевич, которому «вручил» свой монастырь Иосиф, утвердил его выбор.

Скончался преподобный Пафнутий 1 мая (14 мая по новому стилю) 1477 года, прожив 82 года и собрав 95 человек братии, а уже в 1547 году он был прославлен Русской церковью в лике святых.